El Lic. Ignacio L. Vallarta, reconocido jurista jalisciense y ex gobernador del estado, es honrado con el nombre de Puerto Vallarta.
En la zona de Lázaro Cárdenas de Puerto Vallarta, el lugar conocido como "La Pedrera", en la calle Costa Rica, alberga los restos arqueológicos más antiguos descubiertos hasta la fecha. Los primeros poblados se fundaron probablemente en el Preclásico Medio, hacia el 300 a.C. Después de un milenio, llegaron a Aztatlán los habitantes del Posclásico Temprano y, en el Posclásico Tardío, los grupos culturales de Banderas. Cuando los españoles llegaron por primera vez al Valle, conocieron esta cultura.
En su Relación de Compostela de 1584, el teniente Lázaro Blanco señala que los lugareños llamaban a este valle "Xihutla", que se traduce como "lugar donde crece la hierba". Esta zona fue conquistada por el capitán Francisco Cortés de San Buenaventura. Cuentan los cronistas que fue recibido a la entrada del pueblo de Tintoque por más de veinte mil indios armados, cada uno con una banderita de plumas en el carcaj y otra en las manos.
Los españoles presentaron cuatro estandartes reales y uno de damasco carmesí con La Purísima delante y una cruz detrás. Las tropas se llenaron de valor y los indios fueron aterrorizados para que se rindieran, dejando caer sus armas y banderas a los pies del cura, mientras el fraile que les acompañaba se postró para pedir ayuda celestial al ver a tantos enemigos. Esto ocurrió en marzo de 1525, y como resultado, el Valle recibió el nombre de "Banderas" por los españoles, un nombre que todavía lleva hoy en día.
El pueblo de Puerto Vallarta, antes conocido como "Las Peñas", "Peñitas", y tal vez en épocas anteriores, "El Carrizal", fue fundado el 12 de diciembre de 1851. El nombre de "Las Peñas de Santa María de Guadalupe" fue creado por Guadalupe Sánchez Torres, su esposa Ambrosia Carrillo y algunos compañeros, entre ellos Cenobio Joya, Apolonio de Robles, Cleofas Peña y Martín Andrade.
El 31 de octubre de 1886, el orden político y judicial Las Peñas del municipio de Talpa es establecido como comisaría por el Decreto No. 210 del Estado.
El municipio de San Sebastián anexó la comisaría de Las Peñas el 2 de mayo de 1888, mediante decreto número 305 del Congreso del Estado.
Por decreto del Congreso del Estado número 1889, la comisaría de Las Peñas fue elevada a la categoría de municipio el 31 de mayo de 1918. El diputado Dr. Marcos Guzmán solicitó que Las Peñas pasara a llamarse municipio de Puerto Vallarta, lo que le fue concedido al modificarse la categoría política. El 5 de junio de 1918 se publicó el edicto mencionado.
En la actualidad, la ciudad de Puerto Vallarta sigue siendo el municipio.